案件到检察院被认定证据不足时，有几种特殊情况会影响处理，具体如下：
1. 补充侦查发现新犯罪事实：若补充侦查中侦查机关发现当事人新的犯罪事实，案件性质会变化，检察院可能将新、旧事实一并审查，扩大指控范围，延长处理时间，甚至影响原证据不足部分的处理。
2. 新关键证据出现：审查起诉期限内若出现能证明案件事实的新关键证据，检察院可能撤销证据不足的认定，继续审查起诉，案件方向可能从不起诉转为提起公诉。
3. 被害人不服不起诉决定：检察院因证据不足作出不起诉决定后，被害人不服可向上一级检察院申诉或直接向法院自诉，这会启动新诉讼程序，当事人需重新应对，影响最终处理结果。
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案件到检察院被认定证据不足的处理，法律依据明确。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条规定：“人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。”
检察院可根据证据缺失程度及能否通过补充侦查获取关键证据，决定是否退回补充侦查。若二次补充侦查后仍证据不足，必须作出不起诉决定，这是疑罪从无原则的体现，也是证据不足案件处理的直接法律依据。
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案件到检察院被认定证据不足时，检察院通常会作出补充侦查或不起诉的处理，具体分两种情况：
1. 若有补充侦查可能，检察院可退回公安机关或自行侦查，补充侦查期限为一个月，且以二次为限，目的是完善证据以查清案件事实。
2. 若二次补充侦查后仍证据不足、不符合起诉条件，检察院应当作出不起诉决定，以保障当事人不被错误追究刑事责任。
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案件到检察院被认定证据不足时，可能面临以下法律风险：
1. 二次补查后证据仍不足却未不起诉：经二次补充侦查后，检察院若仍认为证据不足却未依法作出不起诉决定，而是移送法院起诉，可能导致当事人面临错误审判，人身自由、财产等核心权利受损。
2. 当事人因案件拖延产生经济损失：补充侦查等程序会延长办案时间，当事人可能需支付高额律师费、取保候审保证金，还可能因案件影响无法正常工作产生误工费，经济损失有扩大风险。

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