关于您咨询的“有农村宅基地房产证，再买商品房是否属于二套房”的问题，核心取决于宅基地的产权性质及当地二套房认定政策。
一般情况下，有农村宅基地房产证再买商品房不算二套房。
1. 若宅基地房屋仅持有宅基地使用权证（无国有土地上的房屋所有权证）：宅基地属于集体土地，个人仅拥有使用权而非所有权，多数地区房产登记系统不将其计入“家庭名下住房套数”，买商品房按首套房认定。
2. 若宅基地房屋已转为国有土地并办理了国有土地房屋所有权证：部分严格执行“全房产登记”的地区可能将其计入套数，买商品房会被认定为二套房。
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针对“有农村宅基地房产证再买商品房是否属于二套房”的直接回复，可依据相关法律法规进一步分析其法律依据。
根据《中华人民共和国土地管理法》第六十二条规定，农村宅基地属于农民集体所有，农村村民仅享有使用权，并非完整的房屋所有权（所有权归集体）。而《关于规范商业性个人住房贷款中第二套住房认定标准的通知》（银发〔2010〕275号）明确，二套房认定以“家庭名下实际拥有的成套住房数量”为核心，此处的“住房”特指国有土地上可自由交易的商品住房。由于宅基地房屋的产权性质为集体土地使用权，不属于该通知中界定的“成套住房”范畴，因此多数情况下持有宅基地房产证再买商品房不被认定为二套房。
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持有宅基地房产证再买商品房，仍可能存在以下法律风险：
1. 部分地区政策冲突导致的认定风险：例如某城市为控制房价，临时出台“将已确权的宅基地房屋计入家庭住房套数”的政策，若您未提前了解，可能在购房时被要求按二套房支付更高首付，造成资金周转困难。
2. 证件信息不清晰引发的纠纷风险：若您的宅基地证件上“土地性质”标注模糊，不动产登记中心可能要求补充材料，导致购房流程延误，错过购房时机；或因材料不全被暂时认定为二套房，后续虽能更正，但会浪费大量时间和精力。
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以下特殊情况可能影响您的二套房认定结果，需特别注意：
1. 宅基地房屋已转为国有土地并办理商品房房产证：若您的宅基地因征地拆迁等原因转为国有土地，且重新办理了国有土地房屋所有权证，此时该房屋会被明确计入家庭住房套数，再买商品房属于二套房。
2. 部分限购城市的特殊认定标准：例如北京、上海等一线城市，若您的宅基地房屋位于本市行政范围内且已完成确权登记，少数区可能将其纳入家庭住房套数统计（尽管全国层面无统一规定），导致再买商品房被认定为二套房。
3. 家庭名下已有其他商品房：若您家庭名下除宅基地房屋外，已有一套国有土地商品房，无论宅基地是否计入套数，再买商品房都属于二套房，这是容易被忽略的叠加情形。

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